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余光創課題組在《Molecular Biology and Evolution》上發表研究成果

時間:2019-10-22 20:15:26  來源:   編輯:張淼  作者:王李跟  點擊:

進化生物學國際著名期刊《Molecular Biology and Evolution》(《分子生物與進化》) (1區,IF=14.797)在線發表了我校基礎醫學院生物信息學系余光創教授課題組的論文《treeio: an R package for phylogenetic tree input and output with richly annotated and associated data》,南方醫科大學為第一和通訊單位,余光創為獨立通訊作者。

系統發育學領域長期存在不同軟件之間文件格式不兼容,缺乏有效的手段整合外部的數據(元數據、實驗數據、流病數據及臨床數據等),這極大地限制了學科的發展,數據整合將有助于發現新的系統模式以及產生新的科學假說。

針對這一基礎性的問題,余光創課題組開發了treeio軟件包(另有tidytree和ggtree,也由余光創課題組開發,見下圖)。treeio包支持多種進化樹格式和常用的軟件包的輸出文件,并且支持整合外部數據,由此允許比較來自不同模型的進化推斷、比較使用同一模型的不同軟件分析結果、計算軟件推斷數據與觀測數據的相關性等。treeio支持輸出多種格式,包括整合進化樹和相關數據的BEAST和jtree格式,有助于數據分享,提高數據分析可重復性以及數據重用。結合輸入與輸出的功能,將允許用戶進行格式轉換,這也將推動整合不同軟件分析流程的開發。因此這一軟件有助于整合不同軟件、不同進化模型和不同來源的數據,同時也擴展了系統發育樹在不同學科中的應用。

全文鏈接為:https://dx.doi.org/10.1093/molbev/msz240

Treeio功能介紹及與tidytree和ggtree的關系

余光創于2018年9月作為第三層次引進人才入職南方醫科大學基礎醫學院;2019年7月起任基礎醫學院生物信息學系副主任(主持全面工作)。入職一年多的時間里,以南方醫科大學為第一單位和通訊作者,發表了三篇1區的文章(Bioinformatics, 2018;Molecular Biology and Evolution 2018, 2019), 總影響因子> 34。


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